Missing coverage evidence...
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AGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTAGA  >  minE/963644‑963693 |                                                  aGTTCTCTTTAATTGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:3468087/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1005213/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2639741/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2854580/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2893107/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2967562/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:3014760/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:3079102/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:311383/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:3179131/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:3206948/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:3213221/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:3224736/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:3375075/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:3574454/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:369102/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:476393/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:506583/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:566963/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:571694/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:653950/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:718420/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:754262/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:943905/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:994872/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1781930/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1037059/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1081879/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1118900/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1298551/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1317437/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1354168/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1367630/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1394034/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1581410/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1627897/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1705718/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1710056/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2610234/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1814594/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1817905/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:1915140/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:198142/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2004288/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2158213/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2226036/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2265606/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2390450/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2445478/50‑1 (MQ=255) aGTTCTCTTTAATGGTATAAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTaga  <  1:2736695/50‑1 (MQ=255) |                                                  AGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCCTGGCGTTGTAGA  >  minE/963644‑963693

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑