Missing coverage evidence...
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GCACCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTGC  >  minE/1008890‑1008953   |                                                              gCACCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGt    >  1:144631/1‑62 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACTCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:2513819/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGgcgc  <  1:328786/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:435243/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:2784194/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:2928154/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:299193/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:317798/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:3292504/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:3341376/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:3358348/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:3637954/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:390704/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:394481/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:2652771/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:437969/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:534055/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:542804/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:585091/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:6089/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:64376/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:754691/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:792196/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:826652/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:995709/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1749870/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1063587/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1074057/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1136838/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1138864/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1367560/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:137673/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1391486/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1454266/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:146373/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1556880/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1569923/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:2777201/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1767479/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1773185/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1780818/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1835451/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:194208/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:2216520/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:237890/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:2514106/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTATTCTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1813719/62‑1 (MQ=255)   aCCCATGGTCTGCGTGCTAATTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTgc  <  1:1022612/62‑1 (MQ=255)   |                                                              GCACCCATGGTCTGCGTGCTATTTTGCATAACGCCAGTGCGTGGATGGCGGAAAAACCGGGTGC  >  minE/1008890‑1008953

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑