Missing coverage evidence...
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ACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGG  >  minE/1047745‑1047805 |                                                             aCGTTATCGGTTCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGtt                        >  1:3040415/1‑39 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTg                   >  1:653776/1‑44 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGaa              >  1:2136804/1‑49 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:411214/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:309719/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:3138653/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:3141512/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:3207804/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:3264412/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:3278002/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:3549839/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:3554495/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:3558848/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:382716/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:970849/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:434764/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:470549/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:476508/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:510412/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:68523/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:724888/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:865673/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:904719/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:1058170/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:2288154/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:108727/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:1088809/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:1119472/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:1335214/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:1548949/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:1867491/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:1956509/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:200961/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:2991548/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:2627282/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:2805413/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:2848393/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:2900376/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:2902881/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:2956900/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg  >  1:2960672/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtg   >  1:2690589/1‑60 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtg   >  1:2164652/1‑60 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtg   >  1:655306/1‑60 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtg   >  1:3143393/1‑60 (MQ=255) aCGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGAAATACTGTtggtgg  >  1:1567153/1‑61 (MQ=255) aCGTTATCCGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATAc           >  1:289972/1‑52 (MQ=255) |                                                             ACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGG  >  minE/1047745‑1047805

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑