Missing coverage evidence...
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AATACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGCC  >  minE/1054480‑1054541 |                                                              aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCATGCAAATTTCTGcc  <  1:1123863/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:3319727/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2440233/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:261343/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2675685/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2705491/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2833887/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2910848/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2976735/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:3107729/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:3234864/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:3311795/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2393047/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:3417744/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:3551127/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:430457/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:452363/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:457863/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:56260/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:790767/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:909938/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1816310/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1099501/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1167257/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1266994/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1304333/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1375222/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1438849/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1658508/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:168236/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1785980/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1023404/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1850090/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:1949833/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2044955/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2053010/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2087454/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2098449/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2155805/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:2156695/62‑1 (MQ=255) aaTACTATCGCCAACGTGCCAGAGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGcc  <  1:3229423/62‑1 (MQ=255) |                                                              AATACTATCGCCAACGTGCCAGTGCCGGTTTGATTATTAGTGAAGCCACGCAAATTTCTGCC  >  minE/1054480‑1054541

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑