Missing coverage evidence...
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GCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCA  >  minE/1082853‑1082907 |                                                       gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:123336/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:1731507/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:2279544/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:2440821/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:258895/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:291972/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:3144017/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:320377/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:383116/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:580294/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:798085/1‑55 (MQ=255) gCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:869998/1‑55 (MQ=255) gCCAAATATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCa  >  1:625230/1‑55 (MQ=255) |                                                       GCCAACTATCAGCATATATCAATCTAACCAATTAAACAAAAATCAAACAAAATCA  >  minE/1082853‑1082907

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑