Missing coverage evidence...
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AGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGG  >  minE/1108122‑1108182 |                                                             aGCGATAATCCTGCACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAg   >  1:1452437/1‑60 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:338998/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:2767594/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:2887960/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:2914517/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:3034895/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:3082954/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:3162084/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:3167076/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:32937/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:2584581/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:339038/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:3422476/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:3424156/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:492995/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:705835/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:812710/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:964093/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:1055349/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:2546645/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:2448540/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:2399016/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:2371718/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:196927/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:1835277/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:1675640/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:1549148/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:1529767/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:147994/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:1404268/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:1391021/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:1386818/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:1193929/1‑61 (MQ=255) aGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAgg  >  1:107945/1‑61 (MQ=255) |                                                             AGCGATAATCCTGAACGTTATGCTGAACTGTTTGGCGGCGCTCAGCAATGGGGCCAACAGG  >  minE/1108122‑1108182

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑