Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1126627	1126690	64	21 [0]	[0] 55	[pheS]	[pheS]

TCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAT  >  minE/1126691‑1126752 |                                                              tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTaaa   >  1:3349313/1‑61 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTaaa   >  1:1131964/1‑61 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTaaa   >  1:1506396/1‑61 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTaaa   >  1:3276267/1‑61 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTaaa   >  1:1698953/1‑61 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTaaa   >  1:746404/1‑61 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTaaa   >  1:533483/1‑61 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTaaa   >  1:3526341/1‑61 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3370696/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:362329/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:353826/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3526657/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3522132/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:341972/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3415450/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3366325/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3366828/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3319693/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:424759/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:496918/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:5590/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:602398/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:64551/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:663249/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:718875/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:742204/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:762939/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:817741/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:908498/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:965000/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2282448/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:1116145/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:1126438/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:1590559/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:1615165/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:1730073/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:1814687/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:1833238/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:1868189/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2015683/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2183393/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2271906/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3361736/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2406124/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2411320/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2705667/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2827747/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2840340/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2942059/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:2962964/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3069784/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3089893/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:3267584/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAt  >  1:1016443/1‑62 (MQ=255) tCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACCTAAAt  >  1:590153/1‑62 (MQ=255) |                                                              TCAGGCTATTTTACTTGCCATTTTGGTCCCGGGCTGTGCTCGAAATTCTCACGTACTTAAAT  >  minE/1126691‑1126752

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑