Missing coverage evidence...
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GGTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCTCTC  >  minE/1141963‑1142018 |                                                        ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:3645241/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:2593193/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:2598916/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:2696910/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:2706403/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:2917503/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:3125070/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:3194825/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:3248210/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:3298508/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:3453727/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:3485443/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:3545503/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:2502213/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:390384/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:606262/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:652155/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:691733/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:729320/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:735598/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:783550/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:864083/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:877555/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:886429/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:931421/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1646804/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1035475/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1045396/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1089032/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1108745/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1122172/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1316693/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1401316/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1448640/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1519974/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1569899/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:100144/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1659691/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1670605/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1720821/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1742711/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1761428/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1763939/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1855633/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1911849/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:2012624/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:2165247/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:2334653/56‑1 (MQ=255) ggTTATTTCCACCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCtctc  <  1:1453029/56‑1 (MQ=255) |                                                        GGTTATTTCCAGCCATATAAAAGCTTAAGCGATATTACCAAAGCGGATTTCCTCTC  >  minE/1141963‑1142018

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑