Missing coverage evidence...
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CAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTG  >  minE/1167002‑1167063 |                                                              cAGTTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:432719/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATTGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGt   >  1:2995942/1‑61 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAg                          >  1:1672298/1‑38 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:2627147/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:2227350/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:2747761/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:3077764/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:3095902/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:3139223/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:3157813/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:3196853/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:3198658/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:3283427/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:443478/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:531558/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:549686/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:633265/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:818991/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1668635/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1318338/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1340291/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1377732/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1440140/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1551497/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1565167/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1640095/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1027793/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1869114/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1873752/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:1966777/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:2017098/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:2085924/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:2096609/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:220431/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGATCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:524628/1‑62 (MQ=255) cAGGTAACGCAAGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTg  >  1:2181936/1‑62 (MQ=255) |                                                              CAGGTAACGCACGATCTCCAGGATGTTCCTGCTGATAGTTCTGTTCTGGATATGGCGCAGTG  >  minE/1167002‑1167063

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑