Missing coverage evidence...
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CTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAA  >  minE/1169727‑1169787 |                                                             cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATaa                         >  1:949287/1‑38 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATa                          >  1:2536388/1‑37 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCggg                   >  1:3384325/1‑44 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:508326/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:361736/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:3511874/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:3455278/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:3433339/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:3334783/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:3282849/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:3191363/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:3051638/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2773168/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2736702/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2716307/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2642004/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2619303/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:1218259/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2492139/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:1266940/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:1777417/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:1816739/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:1956439/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2135766/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2182773/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2212895/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2218733/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2281843/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2535121/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:230630/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2490285/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCa       >  1:2327915/1‑56 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:3504748/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:950048/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:1165804/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:517621/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:419514/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:3621040/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:3010301/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:2729954/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:3426806/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:2146656/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:2202435/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTaa  >  1:2243757/1‑61 (MQ=255) cTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTa   >  1:2928321/1‑60 (MQ=255) |                                                             CTTCTGGCGGTACGTTTACCTCCACGTCCGGACGATAATGCGGGTTAGCCAGTGCAATTAA  >  minE/1169727‑1169787

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑