Missing coverage evidence...
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GGTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAT  >  minE/1175517‑1175578 |                                                              ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:3157226/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:2404237/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:2441868/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:2531330/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:2632977/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:2716744/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:280864/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:2892738/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:2922170/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:2329251/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:3224647/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:3592564/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:384016/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:495560/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:503278/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:627041/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:768034/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:986705/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1312449/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:104179/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1080065/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1089879/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1158033/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1173283/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1237732/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1257583/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1274449/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1024830/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1525745/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1598250/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1688088/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1713795/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1787769/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:1806616/62‑1 (MQ=255) ggTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAt  <  1:2106340/62‑1 (MQ=255) |                                                              GGTGCCATTGCCCAGATCGTACACCGCCGCATCGTCGCGGGTTTCATTACCCACAAGCAAAT  >  minE/1175517‑1175578

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑