Missing coverage evidence...
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CACAACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCACAT  >  minE/1181240‑1181301 |                                                              cacaGCAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:3272718/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAAc                          >  1:1377714/1‑38 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACg              >  1:1973920/1‑50 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAAt       >  1:2213913/1‑57 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATcaca   >  1:2670565/1‑61 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATcaca   >  1:2815366/1‑61 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2941691/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2326438/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2500084/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2513580/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2596048/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:261500/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2695221/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2829001/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2927540/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2274187/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2983137/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:3018987/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:3239934/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:3321419/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:3357099/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:555263/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:657847/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:8903/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:9591/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:189459/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:1243284/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:148682/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:1516437/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:1570992/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:1578333/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:1656476/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:170455/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:17614/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:1798912/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:228118/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:1936092/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2009523/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2019991/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2028952/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2079679/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:215757/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2158092/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2236965/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:2268044/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCAcat  >  1:1220311/1‑62 (MQ=255) cacaACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTCCCGTGGCCGCTGAAATcaca   >  1:517335/1‑61 (MQ=255) |                                                              CACAACAAGGTCTGCCTGCGCACGGTTTTGCCCGCAACCTGCCGTGGACGCTGAAATCACAT  >  minE/1181240‑1181301

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑