Missing coverage evidence...
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CAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAATCATC  >  minE/1200131‑1200173 |                                           cAACTTTTGCGCCCGCGAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1153730/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:437739/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:2314186/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:2367869/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:2514981/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:2541436/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:2885367/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:2982796/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:3074805/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:31400/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:3329992/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:3346415/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:3355747/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:2292007/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:482033/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:51818/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:597353/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:615483/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:72000/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:735873/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:738197/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:871712/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:90859/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:931967/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1546494/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1053732/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1077187/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1141120/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:124426/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1283336/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1315305/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1365903/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1469968/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1472185/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1474859/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1479086/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1045238/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1623461/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1674529/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1760337/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1830199/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:1961885/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:200438/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:202544/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:2188029/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:219066/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcatc  >  1:2262951/1‑43 (MQ=255) cAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAatcat   >  1:3282632/1‑42 (MQ=255) |                                           CAACTTTTGCGCCCGCAAATTAACCGGGAAACCCTAAATCATC  >  minE/1200131‑1200173

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑