Missing coverage evidence...
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CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAA  >  minE/1273966‑1274025 |                                                            cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGTTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:1059941/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGTCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:246529/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:2580675/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:999255/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:2664368/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:2687440/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:3045436/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:3047201/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:3057841/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:3276010/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:3337178/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:3416000/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:3476640/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:3531835/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:3618640/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:754470/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:1059310/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:2492038/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:2418246/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:2408027/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:2401703/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:219467/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:2008868/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:1946532/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:1598998/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:1300165/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:1296629/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:1239169/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:1234591/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:1170132/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:1161973/60‑1 (MQ=255) cccGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGCCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTaa  <  1:3580539/60‑1 (MQ=255) |                                                            CCCGCTACGTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAA  >  minE/1273966‑1274025

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑