Missing coverage evidence...
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CTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCC  >  minE/1282006‑1282067 |                                                              cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:2129823/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:983037/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:882769/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:782020/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:766011/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:68441/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:421507/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:3605114/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:3505606/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:3268646/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:2858609/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:2657697/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:2619646/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:2402541/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:2335275/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1133557/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:2089423/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:2045437/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:2002532/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1996332/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1984274/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1931543/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1892309/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1563947/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1559690/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1427798/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1378136/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1295914/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1246828/62‑1 (MQ=255) cTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGcc  <  1:1227699/62‑1 (MQ=255) |                                                              CTGTCCCAGACAGCATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCC  >  minE/1282006‑1282067

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑