Missing coverage evidence...
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*	*	÷	minE	1318077	1318082	6	2 [0]	[0] 44	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

TCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAT  >  minE/1318083‑1318144 |                                                              tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAAt                    >  1:2951436/1‑44 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTc    >  1:99161/1‑60 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTc    >  1:41583/1‑60 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTc    >  1:1395768/1‑60 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTc    >  1:1071853/1‑60 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:2757692/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:7312/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:66654/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:573220/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:432534/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:3522883/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:3478226/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:3433313/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:3115746/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:277538/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:2723035/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:2074888/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:1216340/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:1251468/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:1254014/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:1952935/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:1450233/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:1570102/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:1839280/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:1676555/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCa   >  1:1369346/1‑61 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:3637977/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:1212119/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:368418/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:1307073/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:442424/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:467607/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:937515/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:3577468/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:1624180/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:3214862/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:3043726/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:1923449/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:2763683/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:1978563/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:2683654/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:2584383/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:2469807/1‑62 (MQ=255) tCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAt  >  1:2446021/1‑62 (MQ=255) |                                                              TCCTTTTCTAGCTCTTGATTCACTTTATCGTCAACTTGCTGAATGTATTGGGCCAACTTCAT  >  minE/1318083‑1318144

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑