Missing coverage evidence...
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GAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAA  >  minE/1342024‑1342084 |                                                             gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2722244/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:911646/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:896221/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:3272634/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:3004890/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:3002643/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2838438/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2826427/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2807740/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2792184/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2745081/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:1032865/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2706486/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2687323/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2448958/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2406939/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2243657/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:2115440/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:1911063/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:1483151/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGaa  >  1:1333109/1‑61 (MQ=255) gAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGa   >  1:1995557/1‑60 (MQ=255) |                                                             GAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACGGGGCGGTGCGAA  >  minE/1342024‑1342084

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑