Missing coverage evidence...
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TTTTTTCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGGTG  >  minE/1343713‑1343773  |                                                            ttttttCAGCATCTGGCCGGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:2588261/61‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCTCTGCTCAGGgtg  <  1:2946562/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:595537/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:3409238/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:3418951/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:3530018/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:3552975/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:3563205/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:46594/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:47958/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:3261286/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:743839/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:760482/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:780399/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:844464/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:863507/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:873051/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:925488/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:95533/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:3369419/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:1039248/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:3195731/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:3033380/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:2573772/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:2462183/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:2257551/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:2077727/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:1878802/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:183247/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:1814756/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:1718095/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:1688253/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:1575146/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:1131683/60‑1 (MQ=255)  tttttCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGgtg  <  1:1087947/60‑1 (MQ=255)  |                                                            TTTTTTCAGCATCTGGCCCGCTTGCCCCCGGGCGCTAAAGCCGCCGTCGCTGCTCAGGGTG  >  minE/1343713‑1343773

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑