Missing coverage evidence...
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AGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACT  >  minE/1344165‑1344216 |                                                    aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATctct  <  1:1019178/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:329065/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2585415/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2599784/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2657858/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2802909/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2836926/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2844173/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2902417/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:3045862/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:3167823/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:3276187/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2584612/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:3377276/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:345757/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:377464/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:418433/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:527715/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:527952/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:56684/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:587640/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:629193/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:956601/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:228441/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:113150/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:1157754/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:1304216/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:1310802/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:1320246/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:1336065/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:1353928/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:135962/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:15615/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:1625865/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:1679238/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:1725332/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:1895891/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2001178/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2037776/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2059580/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2061898/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:212281/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2150771/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:2500242/52‑1 (MQ=255) aGCGCGCGTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACt  <  1:3337586/52‑1 (MQ=255) |                                                    AGCGCGCTTCAATGACGGTGCCGACCAGGCGACCAATATCGATTTCATCACT  >  minE/1344165‑1344216

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑