Missing coverage evidence...
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ATGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGT  >  minE/1387482‑1387543 |                                                              aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGgc             >  1:2667681/1‑51 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCt       >  1:3299293/1‑57 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTgg   >  1:2891237/1‑61 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:2661976/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:786981/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:758315/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:37645/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:3300125/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:3221033/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:3181811/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:3113995/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:3034264/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:2868693/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:2860626/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:2754277/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:1069415/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:2473811/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:2171007/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:2111626/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:210146/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:1931093/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:182444/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:1817093/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:1697045/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:1684340/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:1656106/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:1439808/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:1368520/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:1229991/1‑62 (MQ=255) aTGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGt  >  1:119168/1‑62 (MQ=255) |                                                              ATGGCAATCATCGTCAGGTGACGCGCCTTTAATTCACGGCGTAAGCCCGGCGCTTCTGTGGT  >  minE/1387482‑1387543

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑