Missing coverage evidence...
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ACTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTG  >  minE/1392174‑1392235 |                                                              aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTg                        >  1:3238198/1‑40 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCTGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:723796/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATAc         >  1:716296/1‑55 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGTCGtt   >  1:596781/1‑61 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGtt   >  1:476580/1‑61 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:1050140/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:2518321/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:2926121/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:3035253/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:3051956/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:3102195/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:3341465/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:3362462/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:3372707/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:3418918/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:3484947/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:3534895/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:3585578/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:575683/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:1829328/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:1133535/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:116756/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:1225412/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:1314758/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:1352889/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:1530148/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:1549606/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:1594991/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:175053/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:2454553/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:1844268/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:185962/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:2103452/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:2266241/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:2272065/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:2446518/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATAAGGCGTTg  >  1:3171390/1‑62 (MQ=255) aCTCTCTCTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTg  >  1:2044030/1‑62 (MQ=255) |                                                              ACTCTCTTTCTTACTTTCAGTGGTCGCCGTTTGAGCTTTGCCCGCCGGTTCATACGGCGTTG  >  minE/1392174‑1392235

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑