Missing coverage evidence...
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GGTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAG  >  minE/1407724‑1407785 |                                                              ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAATTTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2089486/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:3506525/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2853445/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2884433/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2913398/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:300601/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:3200384/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:322686/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:3296214/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:3423264/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2847464/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:3556862/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:3565025/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:392564/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:520415/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:536419/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:662693/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:733059/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:753620/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:964023/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2780247/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1064050/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1132272/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1584582/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1665092/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1792931/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1814335/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1864173/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1919619/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1977337/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2277258/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2355013/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2413336/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2464415/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2744549/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:2767926/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1031968/62‑1 (MQ=255) ggTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGACGGTGGGTTTTCGCCATCAg  <  1:1037022/62‑1 (MQ=255) |                                                              GGTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAG  >  minE/1407724‑1407785

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑