Missing coverage evidence...
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GCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCGAACGG  >  minE/1439049‑1439110 |                                                              gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:3518664/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2540386/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2582991/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:262448/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2703127/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2756084/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2764734/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:292865/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2957703/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:315149/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2526508/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:3611954/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:648544/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:673519/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:77083/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:860434/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:922247/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:939318/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:971677/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1809125/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1158390/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1167136/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1192421/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1319073/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1354997/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1663771/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1664204/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1711271/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1137336/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1824121/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1898246/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:1974954/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2014798/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2093831/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2112044/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2263213/62‑1 (MQ=255) gCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCTAACgg  <  1:2492379/62‑1 (MQ=255) |                                                              GCAGCCAGCAGTGCCACGCGGGTAAAGCTTATTTCCATACGTGATTATCCTCATGCGAACGG  >  minE/1439049‑1439110

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑