Missing coverage evidence...
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CCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGA  >  minE/1478760‑1478820 |                                                             cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCtttttt                           >  1:989004/1‑36 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTc                          >  1:1079201/1‑37 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTc                          >  1:3213556/1‑37 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCg                         >  1:1889582/1‑38 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTg                      >  1:1963673/1‑41 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCa                   >  1:3206827/1‑44 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCa                   >  1:3466451/1‑44 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCa             >  1:934147/1‑50 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAg   >  1:3469983/1‑60 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:3566509/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:934064/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:3360639/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:3564659/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:838352/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:378141/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:3117267/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:413835/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:545692/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:564250/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:652828/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:655196/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:1773023/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:1179741/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:1227837/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:1426077/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:1453777/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:1478430/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:148948/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:166359/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:176893/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:3200550/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:1889613/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:1919173/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:232847/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:2475052/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:2637091/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGa  >  1:3014921/1‑61 (MQ=255) cccGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTAGGTGCCa                   >  1:2194191/1‑44 (MQ=255) |                                                             CCCGGTAAAGCCCGCTGCCGTACCTGCCGCTTTTTTCGGTGCCAGTTCCAGCGCATGCAGA  >  minE/1478760‑1478820

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑