Missing coverage evidence...
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CAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGTT  >  minE/1499538‑1499599 |                                                              cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTcgc                    >  1:3204364/1‑44 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGCCGtt  >  1:2012857/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:3403380/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:2721065/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:3063167/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:3348503/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:3348598/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:3357768/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:3390436/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:2603021/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:3522108/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:721290/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:846659/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:900188/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:925597/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:952548/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:975570/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1934911/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1164708/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1330981/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1409439/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1503935/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1564126/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1581175/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1589390/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1660298/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1062372/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:1947149/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:2060307/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:2253623/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:2291507/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:2310216/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGtt  >  1:2574766/1‑62 (MQ=255) cAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGt   >  1:3367520/1‑61 (MQ=255) |                                                              CAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCGGTGTGTGCGCAGACGTT  >  minE/1499538‑1499599

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑