Missing coverage evidence...
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CCGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGAT  >  minE/1527422‑1527483 |                                                              ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGGAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:132451/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGAtt                >  1:289281/1‑48 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTAt             >  1:2613325/1‑51 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGTCGa   >  1:167433/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:2913402/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:2358644/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:2565479/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:2688851/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:269859/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:2823068/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:2861387/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1138620/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:3024650/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:3342306/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:375301/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:506304/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:507589/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:561378/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:923989/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1639775/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1097055/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1161645/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1327592/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1353098/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1514214/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1520694/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1622978/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:2337397/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1645074/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1650270/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:1871694/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:2294152/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:2152896/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGat  >  1:2107780/1‑62 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:2945571/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:2646055/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:3191844/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:2661811/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:3348266/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:3384471/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:3471035/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:2585602/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:426115/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:1987380/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:2405839/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:2371755/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:650043/1‑61 (MQ=255) ccGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGa   >  1:180147/1‑61 (MQ=255) |                                                              CCGGTTGCCATCGTTTATTGCTCGATGAAGGCCGCGTGACGCTGGATTTATGGTTTGGCGAT  >  minE/1527422‑1527483

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑