Missing coverage evidence...
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GCCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGT  >  minE/1529195‑1529256 |                                                              gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:3480122/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2693032/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2737710/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2908027/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2974748/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:303714/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:3063003/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:3078735/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:3198798/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:3260654/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:3317286/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:3325202/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2535231/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:3522078/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:3538966/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:3560237/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:457668/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:46267/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:485891/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:654266/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:665186/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:665196/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:68723/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:898050/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1862579/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1156938/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1224876/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1299230/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1360139/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1533609/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1563794/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1565113/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1639591/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1785158/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1850358/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1088413/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1938204/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2042534/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:206655/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2180715/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2205302/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2207183/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2234221/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:229140/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2366513/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:2462624/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCACGCGGAGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGt  >  1:1898600/1‑62 (MQ=255) gcCTGGTCAAGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACg    >  1:1169630/1‑60 (MQ=255) |                                                              GCCTGGTCACGCGGCGACAATTCACCAGCACCAATGGCTTTTTCCAGACTCTGGCTAACGGT  >  minE/1529195‑1529256

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑