Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1575520	1575546	27	63 [0]	[0] 40	[xapR]	[xapR]

CCATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATC  >  minE/1575547‑1575607 |                                                             ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATGATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:640479/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCTGATATc  <  1:623684/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCATATATc  <  1:800832/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:349740/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:2346743/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:2425760/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:2645250/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:287727/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:3193880/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:328025/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:3290097/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:3342688/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:3346805/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:2291791/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:3518268/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:560563/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:693373/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:736711/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:812648/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:933237/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1782722/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1192032/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1285199/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1287741/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1412645/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1490944/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1608083/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1641415/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1743129/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1743396/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1026302/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1788630/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1891795/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1919519/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:1971678/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:2091092/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:2166649/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:2215958/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:2246522/61‑1 (MQ=255) ccATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATc  <  1:2259243/61‑1 (MQ=255) |                                                             CCATATAATAAATACATCGTATTAAATTATCATGGCATAAAGTATTTCACCACCAGATATC  >  minE/1575547‑1575607

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑