Missing coverage evidence...
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GATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGT  >  minE/1581468‑1581529 |                                                              gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCTCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:296747/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGTGGt  <  1:3493814/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2837803/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2783814/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2856349/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2871320/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2923113/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2983881/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:3032219/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:3104352/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:3155151/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:3267440/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:352742/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:3545135/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:3612541/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:500927/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:616163/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:737652/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:742625/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:820732/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:930773/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2042757/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:1313850/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:1546830/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:1566861/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:158633/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:1587909/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:1662712/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:1737642/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:1799556/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:1900835/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:1918447/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:1047819/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2064371/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2132828/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2368752/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2378006/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2412561/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2535636/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2575347/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2637188/62‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGt  <  1:2657346/62‑1 (MQ=255) |                                                              GATAACGATCGGCGCAGGCCAGTGAACACCTTCCGCCAACAGCTCGCTGATGACATTGCGGT  >  minE/1581468‑1581529

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑