Missing coverage evidence...
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CACGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTC  >  minE/1670178‑1670235 |                                                          cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCTACCGGTTCAGTc  <  1:1822552/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:2322704/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:937274/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:7772/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:687468/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:507687/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:439884/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:369750/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:3488557/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:340065/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:328932/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:3241050/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:2807614/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:2685424/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:2384603/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1223291/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:2316710/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:2105208/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1971329/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1909385/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1866606/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1489224/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1483998/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1463678/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1456004/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1437564/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:140793/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1306120/58‑1 (MQ=255) cacGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:1276294/58‑1 (MQ=255) cacGGGTCCGTCTTTTGCCTGGAGCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTc  <  1:2351865/58‑1 (MQ=255) |                                                          CACGGTTCCGTCTTTTGCCTGGATCAGCAGTTTGCCGTCAGCGGCAACCGGTTCAGTC  >  minE/1670178‑1670235

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑