Missing coverage evidence...
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GTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATCT  >  minE/1709716‑1709777 |                                                              gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:376692/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2367300/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2386488/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2494136/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2647306/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2675435/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2776227/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2981942/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:3096509/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:3326279/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:333142/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:3398867/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:236172/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:413366/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:461116/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:462040/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:467658/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:492757/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:586503/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:629654/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:780893/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:966885/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:969122/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1808363/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1127236/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1137790/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:114473/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1257849/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1326749/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1341011/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1433138/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1596326/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1607933/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1048800/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1951228/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2034500/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2044690/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2071185/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2094146/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2168870/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:218507/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:222915/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2266841/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2270938/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:2342888/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCGCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:1741178/62‑1 (MQ=255) gTAAATCTGCTGATTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATct  <  1:453604/62‑1 (MQ=255) |                                                              GTAAATCTGCTGTTTGGCTTCGATATCGACGCCGCGCGTTGGCTCGTCGAGCAACAAAATCT  >  minE/1709716‑1709777

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑