Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1777495	1777519	25	34 [0]	[0] 42	trmD	tRNA (guanine‑1‑)‑methyltransferase

TCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAT  >  minE/1777520‑1777581 |                                                              tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACTGAGTCAAt  <  1:3466183/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:3580933/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1033328/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:2827839/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:2874703/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:2956902/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:3096794/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:3212689/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:3240484/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:3297462/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:2544320/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:393205/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:474435/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:55278/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:647801/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:715060/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:755309/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:849243/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:872313/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:986610/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1705444/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1256249/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1458784/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1461119/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1490182/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1499073/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1573305/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1644693/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1661705/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1664161/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1682781/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:2382435/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1737904/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1913385/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:1941830/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:2096774/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:2116555/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:230114/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:2345487/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:2377146/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCACAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:3354181/62‑1 (MQ=255) tCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCACAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAt  <  1:2839683/62‑1 (MQ=255) |                                                              TCTTCCGTTGCCGAGGCTTCATGTCCCAGTACTCCCGGAATAAACCGGGAAACGGAGTCAAT  >  minE/1777520‑1777581

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑