Missing coverage evidence...
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TTGTTTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGAA  >  minE/1804103‑1804162 |                                                            ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACcac                    >  1:65719/1‑42 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTAt               >  1:3326390/1‑47 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:1032572/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2586257/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2746057/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2778253/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2797688/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2861831/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:3040600/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:3192685/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:3207738/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:3226047/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:3234203/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:3301146/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:3380102/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:3561007/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:494945/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:589248/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:660013/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:671081/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:761875/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:840698/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:947319/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:974577/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:1828718/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:1035022/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:1066717/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:1127103/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:121622/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:1218497/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:1245741/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:136019/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:166466/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:1745104/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:1813874/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2454911/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:1866350/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:188515/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2037971/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2070830/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2142049/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2157966/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2200092/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2281377/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGaa  >  1:2404458/1‑60 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGa   >  1:3472520/1‑59 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGa   >  1:189049/1‑59 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGa   >  1:1611560/1‑59 (MQ=255) ttgttTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGa   >  1:268666/1‑59 (MQ=255) |                                                            TTGTTTATGGCGTTGATTACGCTGGAGTCTCAGGAAAACCACAGTATTCAGCCTTCTGAA  >  minE/1804103‑1804162

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑