| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,497,948 | 0 | C | A | 33.7% | 345.3 / 174.9 | 187 | P163Q (CCA→CAA) | ilvB | acetolactate synthase I, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/79); new base A (0/63); total (45/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCAA > minE/2497900‑2497985 | tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTgg < 1:117524/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTgg < 1:2077002/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTgg < 1:568095/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1940584/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:3528628/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:734197/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:715633/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1802544/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1842864/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:185414/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1903440/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1932807/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:3323531/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:2144975/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:2446612/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:2215368/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:2424868/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:504182/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1353667/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:937569/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1206605/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1242161/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:3150276/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:3066791/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:87763/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:3465038/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1116767/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:2854243/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1476622/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:3247752/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1026011/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1497327/62‑1 (MQ=255)tCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGAGCAATCAGGCCGCTAAGGCCCGGTGTgg < 1:1739719/62‑1 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGgtgt > 1:2521204/1‑58 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:640384/1‑59 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:2434965/1‑59 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:3201369/1‑59 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:3519595/1‑59 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:2465256/1‑59 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:2485080/1‑59 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:454134/1‑59 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:442512/1‑59 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:417608/1‑59 (MQ=255) 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ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:1061637/1‑59 (MQ=255) ccGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGtgtg > 1:220604/1‑59 (MQ=255) ccGCAGGGCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCAAGGCCCGGGGTgg < 1:515351/60‑1 (MQ=255) gAGCGATGGCTTCCGCATTGCGCATTCAGGCCGCCAAGGCCCGGTGTgg < 1:1685818/49‑1 (MQ=38) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:967745/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:3374185/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:3436889/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:3439005/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:100619/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:864310/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:831155/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:3563892/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:770089/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:658819/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:984943/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:542966/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:468143/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2185068/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:1009050/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:1188665/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:1299541/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:1450343/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:1537225/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:1641334/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:1684442/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:177131/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:1876624/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:1964987/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2015191/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:3211575/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2271680/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2290319/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2532390/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2551923/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2596303/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2610295/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:263747/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2670628/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2819208/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2912110/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:3180879/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:3199033/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATCCCTAAGGATGTGCaa < 1:174628/62‑1 (MQ=255) tCCGCATTGCGCAATCAGGACGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:166304/62‑1 (MQ=255) tGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:2385782/55‑1 (MQ=255) cccATGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCaa < 1:1214127/40‑1 (MQ=255) | TCCCGCAGGTCATGAGCGATGCCTTCCGCATTGCGCAATCAGGCCGCCCAGGCCCGGTGTGGATAGACATTCCTAAGGATGTGCAA > minE/2497900‑2497985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |