Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	1,946,171	C→A	P713P (CCG→CCT)	gcvP ←	glycine decarboxylase, PLP‑dependent, subunit (protein P) of glycine cleavage complex

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,946,171	0	C	A	87.1%	235.8 / 36.4	93	P713P (CCG→CCT)	gcvP	glycine decarboxylase, PLP‑dependent, subunit (protein P) of glycine cleavage complex
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (11/1);  new base A (0/81);  total (11/82)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-13
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGC  >  minE/1946116‑1946178                                                        |        gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:3424103/1‑60 (MQ=255) gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:3491329/1‑60 (MQ=255) gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:3419826/1‑60 (MQ=255) gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:2548930/1‑60 (MQ=255) gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:3591716/1‑60 (MQ=255) gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:3642408/1‑60 (MQ=255) gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:376040/1‑60 (MQ=255) gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:426608/1‑60 (MQ=255) gTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGaa     >  1:676827/1‑60 (MQ=255) 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           gcTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1794514/52‑1 (MQ=255)                   cGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:66319/45‑1 (MQ=255)                           ggTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGAGGAATGc  <  1:1537813/37‑1 (MQ=255)                                                        |        GTGCCAAATGCGCTTTCACGCCGATCGGTCCCATACCCGGACCACCACCGCCGTGCGGAATGC  >  minE/1946116‑1946178

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑