Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	2,065,043	C→G	S428S (TCC→TCG)	rpoD →	RNA polymerase, sigma 70 (sigma D) factor

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,065,043	0	C	G	100.0%	192.9 / NA	50	S428S (TCC→TCG)	rpoD	RNA polymerase, sigma 70 (sigma D) factor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (0/50);  total (0/50)

AGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAAC  >  minE/2065001‑2065054                                           |            ggCGGTTGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2560383/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:3327492/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2741361/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2768813/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:283795/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2875146/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2875193/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2932611/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2936566/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:3124998/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:3208731/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:3211259/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:3312722/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:932242/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:3473958/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:3522409/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:3534422/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:3572035/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:3599425/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:419979/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:589133/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:590326/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:668823/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:706929/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:907328/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1060166/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1862745/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1101495/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1157873/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1168523/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1299511/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1317036/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1390847/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1481656/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:152487/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:156165/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1628038/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:17835/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2535117/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:1962716/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2156296/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2213685/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2252727/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2256178/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:23306/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2342826/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2429880/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2444982/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2467463/53‑1 (MQ=255) ggCGGTGGACAAGTTCGAATACCGTCGCGGCTATAAATTCTCGACCTATGCGAc  <  1:2519057/53‑1 (MQ=255)                                           |            AGCGGTTGATAAATTCGAATACCGCCGTGGTTACAAGTTCTCCACCTACGCAAC  >  minE/2065001‑2065054

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑