Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	495,220	+C	coding (73/1041 nt)	galM ←	galactose‑1‑epimerase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	495,217	1	.	C	77.8%	74.2 / 16.1	27	coding (76/1041 nt)	galM	galactose‑1‑epimerase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/6);  new base C (0/21);  total (0/27)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01

GCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCAT‑CCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCA  >  minE/495189‑495270                              |                                                      ggaCCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:219435/60‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:4922/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:954141/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:863506/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:802438/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:707635/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:607134/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:583993/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:57251/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:513796/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:1064373/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:448577/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:370129/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:257091/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:1203343/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:1201007/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:1167968/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:1138992/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:1107137/62‑1 (MQ=255) gCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:1105724/62‑1 (MQ=255)  cACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCATCCCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGt                       <  1:601776/61‑1 (MQ=255)                     gACTACCAT‑CCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCa  <  1:276161/62‑1 (MQ=255)                     gACTACCAT‑CCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCa  <  1:503049/62‑1 (MQ=255)                     gACTACCAT‑CCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCa  <  1:1186683/62‑1 (MQ=255)                     gACTACCAT‑CCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCa  <  1:64219/62‑1 (MQ=255)                     gACTACCAT‑CCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCa  <  1:821981/62‑1 (MQ=255)                     gACTACCAT‑CCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCa  <  1:913384/62‑1 (MQ=255)                              |                                                      GCACCCCAGTCCATCAGCGTGACTACCAT‑CCCTGCGTTGTTACGCAAAGTTAACAGTCGGTACGGCTGACCATCGGGTGCCA  >  minE/495189‑495270

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑