Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	2,882,260	+GT	coding (106/381 nt)	ytfH →	predicted transcriptional regulator

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,882,256	1	.	G	100.0%	119.9 / NA	34	G34? (GGG→GGN)	ytfH	predicted transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base G (34/0);  total (34/0)
*	minE	2,882,256	2	.	T	100.0%	108.2 / NA	34	G34G (GGG→GGT)	ytfH	predicted transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base T (34/0);  total (34/0)

CCAGCCGTTGGGGG‑‑GTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCGA  >  minE/2882243‑2882303               ||                                                ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTAcgc                         >  1:50523/1‑40 (MQ=25) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCa              >  1:789174/1‑51 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCAt             >  1:756495/1‑52 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCg           >  1:1016349/1‑54 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGc    >  1:854456/1‑61 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGc    >  1:268860/1‑61 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:679297/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:443672/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:476534/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:485712/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:48770/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:557527/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:439925/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:791010/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:832021/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:848832/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:873397/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:888324/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:4302/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:393362/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:34387/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:285919/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:256193/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:221251/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:220267/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:136648/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:120679/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:1194475/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:1112224/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:1077686/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:1077195/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:1056870/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCg   >  1:1018567/1‑62 (MQ=255) ccAGCCGTTGGGGGGTGTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGC‑TTAGCGa  >  1:599578/1‑62 (MQ=255)               ||                                                CCAGCCGTTGGGGG‑‑GTGTTGATTCTGGTGGCGCTACGCGAAGGTACTCATCGCTTTAGCGA  >  minE/2882243‑2882303

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑