Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	2,979,600	+C	coding (436/513 nt)	yjjX ←	thiamin metabolism associated protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,979,597	1	.	C	78.3%	173.7 / 41.2	60	coding (439/513 nt)	yjjX	thiamin metabolism associated protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/13);  new base C (0/47);  total (0/60)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01

GATAGACGCTGGCGCGAGTGAGTTT‑CCCGGCGGTAAACACGCCGATCGCCCCTTCCTTAC  >  minE/2979573‑2979632                          |                                    gATAGACGCTGGCGCGTGTGTGTTTCCCCGGCGGTAAACACGCCGATCGCCCCTTCCTTAc  <  1:1167422/61‑1 (MQ=255) gATAGACGCTGGCGCGAGTGAGTTTCCCCGGCGGTAAACACGCCGATCGCCCCTTCCTTAc  <  1:666484/61‑1 (MQ=255) gATAGACGCTGGCGCGAGTGAGTTTCCCCGGCGGTAAACACGCCGATCGCCCCTTCCTTAc  <  1:27912/61‑1 (MQ=255) gATAGACGCTGGCGCGAGTGAGTTTCCCCGGCGGTAAACACGCCGATCGCCCCTTCCTTAc  <  1:300287/61‑1 (MQ=255) gATAGACGCTGGCGCGAGTGAGTTTCCCCGGCGGTAAACACGCCGATCGCCCCTTCCTTAc  <  1:101736/61‑1 (MQ=255) gATAGACGCTGGCGCGAGTGAGTTTCCCCGGCGGTAAACACGCCGATCGCCCCTTCCTTAc  <  1:421423/61‑1 (MQ=255) gATAGACGCTGGCGCGAGTGAGTTTCCCCGGCGGTAAACACGCCGATCGCCCCTTCCTTAc  <  1:429815/61‑1 (MQ=255) gATAGACGCTGGCGCGAGTGAGTTTCCCCGGCGGTAAACACGCCGATCGCCCCTTCCTTAc  <  1:499262/61‑1 (MQ=255) gATAGACGCTGGCGCGAGTGAGTTTCCCCGGCGGTAAACACGCCGATCGCCCCTTCCTTAc  <  1:540118/61‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑