Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1938577	1938611	35	66 [0]	[1] 74	xerD	site‑specific tyrosine recombinase

GCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGCCC  >  minE/1938525‑1938576                                                    | gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACGAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:411582/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:690839/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:696317/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:685340/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:680896/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:675521/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:612512/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:576425/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:572057/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:567750/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:555463/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:547423/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:524683/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:49953/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:490867/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:455551/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:415395/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:984426/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:742558/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:767892/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:781006/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:798717/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:812591/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:814991/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:826457/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:844720/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:854618/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:855923/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:87801/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:949289/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:95756/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:965227/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1010884/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:166342/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1010902/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1043464/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1050951/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1055316/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1063289/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1074434/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1079504/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:109803/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1126827/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1145585/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1164642/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1169192/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:1181290/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:144452/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:150014/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:300112/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:403287/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:399368/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:387018/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:369481/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:361659/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:356110/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:326732/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:311064/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:411513/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:275278/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:259797/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:248447/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:245719/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:230675/52‑1 (MQ=255) gCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:19997/52‑1 (MQ=255)  cAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGccc  <  1:766505/51‑1 (MQ=255)                                                    | GCAGGCTGATATCACTCATTGTCAGTCCGACCAGTTCAGAGACACGCAGCCC  >  minE/1938525‑1938576

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑