Missing coverage evidence...
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CTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCAA  >  minE/1939423‑1939483                                                             | cTCGTTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGTCTACTGGCCaa  >  1:42646/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATTCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:936979/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGATAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:61498/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:416715/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:1047675/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:508299/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:518780/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:593020/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:599644/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:651592/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:658452/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:751138/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:779818/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:805247/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:812997/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:835430/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:841718/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:869277/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:875202/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:879301/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:89897/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:368906/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:1045557/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:1079327/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:112756/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:1202188/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:137316/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:162062/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:180954/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:208720/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:216364/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:251074/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:261375/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:280736/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:320666/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:341846/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:343840/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:347179/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:405350/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATGATGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:303428/1‑61 (MQ=255) cTCGGTATACTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:929945/1‑61 (MQ=255) cTCGGTAGGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:521237/1‑61 (MQ=255) cTCGGTAGGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:118517/1‑61 (MQ=255) cTCGCTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:937685/1‑61 (MQ=255) cTCAGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCaa  >  1:337733/1‑61 (MQ=255)                                                             | CTCGGTATGCTGCATGACAAACTCTCGACCAAAGGCGTGAAGTTCGTCGGCTACTGGCCAA  >  minE/1939423‑1939483

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑