Missing coverage evidence...
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CGCGCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTAAA  >  minE/159383‑159444                                                              | cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCTTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:143623/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGTCTGTCAGTaaa  <  1:785435/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:694624/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:489870/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:550597/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:621018/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:633407/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:647305/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:666496/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:669424/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:678931/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:693456/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:456806/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:732363/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:829520/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:8525/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:90667/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:915936/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:922655/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:951290/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:964202/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:1202706/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:1073660/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:109063/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:1105549/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:110897/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:1126303/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:1137453/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:1147974/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:1180167/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:1182232/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:1182477/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:1021276/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:136045/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:154488/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:250362/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:301699/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:334821/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:363970/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:391899/62‑1 (MQ=255) cgcgCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATAGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:334581/62‑1 (MQ=255)                            gcCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTaaa  <  1:526214/35‑1 (MQ=255)                                                              | CGCGCTTATTCCACAAACTCTCGACGCGCCATCGGCTGGCCTATGTCGAGGCTGTCAGTAAA  >  minE/159383‑159444

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑