Missing coverage evidence...
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GGCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGC  >  minE/2248539‑2248600                                                              | ggCAGCACGCCCCTCTTTTATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:653061/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGAGATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:555545/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAATCAAACAGATGc  <  1:905871/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:768394/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:651465/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:663741/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:664271/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:680/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:690785/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:716048/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:752898/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:1073787/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:778234/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:795916/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:830490/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:847464/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:883511/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:892579/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:918329/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:619983/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:1068568/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:1096891/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:1110553/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:1135439/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:1166608/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:1193755/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:13135/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:139511/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:304175/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:354795/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:355401/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:378486/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:405351/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:467935/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:535887/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:602993/62‑1 (MQ=255) ggCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:624578/62‑1 (MQ=255)  gcagcaCGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:730680/61‑1 (MQ=255)                    atCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGc  <  1:94030/43‑1 (MQ=255)                                                              | GGCAGCACGCCCCTCTTATATCGCGCTGGGACATGTGTTCCCGACGCAAACCAAACAGATGC  >  minE/2248539‑2248600

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑