Missing coverage evidence...
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CACCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACG  >  minE/2306828‑2306888                                                             | cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:721007/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:495174/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:1011630/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:548997/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:565998/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:611160/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:613332/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:653287/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:660380/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:675735/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:516525/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:7266/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:788243/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:805239/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:807377/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:82651/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:845500/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:933684/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:937237/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:993671/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:473337/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:1016974/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:1049802/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:1049803/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:1086520/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:1101816/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:1147587/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:1174714/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:1181105/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:143886/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:190258/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:213359/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:313785/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:318370/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:352523/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:368419/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:377770/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:483516/61‑1 (MQ=255) cacCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCCAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:594147/61‑1 (MQ=255)  acCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:1064954/60‑1 (MQ=255)   cccAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:706149/59‑1 (MQ=255)       ggTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:64330/55‑1 (MQ=255)           gCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACg  <  1:955391/51‑1 (MQ=255)                                                             | CACCCAGGTCGCCGGTCGTGCCGGGCGTGCGGGTAAACAGGGCGAAGTGGTGCTGCAAACG  >  minE/2306828‑2306888

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑