Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2380212	2380345	134	30 [0]	[0] 7	rmuC	predicted recombination limiting protein

CTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGT  >  minE/2380150‑2380211                                                              | cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:732652/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:98849/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:974200/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:971139/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:955661/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:953928/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:92830/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:901202/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:866282/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:828355/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:812880/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:799708/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:753454/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:194766/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:712243/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:695298/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:643495/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:559767/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:480420/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:474682/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:454211/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:400995/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:341232/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:324532/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:247372/62‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:241811/62‑1 (MQ=255)  ttGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:782603/61‑1 (MQ=255)  ttGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:317267/61‑1 (MQ=255)  ttGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:256929/61‑1 (MQ=255)                     tttGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGt  <  1:902999/42‑1 (MQ=255)                                                              | CTTGCTGGCACGATCGGCGATTTGCTGGGCGTTGCGGCTTTGATGCTCATAACGCCACAGGT  >  minE/2380150‑2380211

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑