Missing coverage evidence...
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GCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGC  >  minE/2408534‑2408595                                                              | gCAGAAGGCGCGATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:531760/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:772746/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:542370/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:569764/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:638289/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:688997/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:700405/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:702293/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:703634/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:70836/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:961206/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:801471/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:802190/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:910160/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:915075/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:921676/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:951562/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:95527/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:1040913/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:324794/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:115249/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:115348/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:1156384/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:157597/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:194282/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:207625/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:25704/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:488636/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:33043/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:358286/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:392972/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:405744/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:40677/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:442899/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:452920/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATAGGTAGCTACGc  <  1:357937/62‑1 (MQ=255) gCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGGGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:95830/62‑1 (MQ=255)                 aTACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGc  <  1:195440/46‑1 (MQ=255)                                                              | GCAGAACGCGCCATGAATACCCGTCTCGAAGGCGGATGTCAGGTGCCAATTGGTAGCTACGC  >  minE/2408534‑2408595

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑