Missing coverage evidence...
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GCAGCAGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGC  >  minE/2441938‑2441999                                                              | gcatcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:612354/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGGCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:763976/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:1083399/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:461621/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:496133/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:514358/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:552726/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:582772/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:589651/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:644328/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:673655/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:684974/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:714199/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:770296/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:796542/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:797638/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:800884/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:801437/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:898640/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:899593/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:911076/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:92957/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:971814/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:319458/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:1149283/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:1151066/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:176251/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:1137377/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:180403/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:192036/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:230482/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:253889/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:26781/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:458314/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:324328/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:328021/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:340931/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:347587/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:348194/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:355641/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:408242/62‑1 (MQ=255) gcagcaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:437480/62‑1 (MQ=255) gcagaaGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:338398/62‑1 (MQ=255)  cagcagCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:1115246/61‑1 (MQ=255)  cagcagCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:812485/61‑1 (MQ=255)                    ttCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGc  <  1:315164/43‑1 (MQ=255)                                                              | GCAGCAGCGCGCCCGGTGATTCCGGGAATTCGAAGCTGTAGAGGCGTTCCTGCAACGGATGC  >  minE/2441938‑2441999

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑