Missing coverage evidence...
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GCGCGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAC  >  minE/2490335‑2490395                                                             | gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:443412/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:940056/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:853875/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:825419/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:822876/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:812459/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:799601/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:692822/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:66625/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:646115/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:541060/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:524034/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:519595/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:504950/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:480945/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:100329/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:393081/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:388033/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:334398/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:249777/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:196417/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:137289/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:1177314/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:117559/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:1066549/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:1054919/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:102289/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:1015162/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:1011821/1‑61 (MQ=255) gcgcGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:1007000/1‑61 (MQ=255) gcgcGACACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAc  >  1:727554/1‑61 (MQ=255)                                                             | GCGCGAGACAGCGATTGGCTTAACCAAAGACAAACAGGGCGACAGCAAAGTCCGCATCGAC  >  minE/2490335‑2490395

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑