Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2496430	2496445	16	32 [0]	[0] 18	emrD/ivbL	multidrug efflux system protein/ilvB operon leader peptide

CATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCA  >  minE/2496368‑2496429                                                              | cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:480604/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:921511/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:903830/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:86224/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:856013/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:853481/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:843999/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:830778/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:736240/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:711414/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:708232/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:5274/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:522200/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:515661/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:510959/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:1056935/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:400286/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:371100/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:321119/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:315142/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:247605/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:183455/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:169300/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:1522/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:121952/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:1163309/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:1159399/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:1072792/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:1067658/62‑1 (MQ=255) cATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:1065751/62‑1 (MQ=255)           aaTGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:696159/52‑1 (MQ=255)             tGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCa  <  1:345116/50‑1 (MQ=255)                                                              | CATTCCCATAAATGCGGGAGAGGAATCTATCACATTGATGAATGTTAGCCAGATATACGCCA  >  minE/2496368‑2496429

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑