Missing coverage evidence...
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CCGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGT  >  minE/2638646‑2638707                                                              | ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACTAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:599922/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAATCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:602891/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:742694/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:669590/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:671784/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:691365/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:698093/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:712615/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:74051/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:742282/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:573884/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:745491/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:787329/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:822605/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:823061/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:828993/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:962382/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:965120/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:980107/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:386776/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:1129105/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:1131578/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:1160787/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:1186747/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:217377/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:284375/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:286444/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:382762/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:1035505/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:417400/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:463358/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:502638/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:504193/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:52365/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:5459/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:555575/1‑62 (MQ=255) ccGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGt  >  1:56986/1‑62 (MQ=255)                                                              | CCGAACAGATTGGCACACCAGTTGAAGTCTACGAAAAGCCCGCCAGCCTGTTTGTAGCGAGT  >  minE/2638646‑2638707

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑